Imprimer
ANALYSE DU PROTEOME
L’analyse du protéome dans le secteur végétal à l’INRA
Sur le plan physiologique, la caractérisation de l’état fonctionnel des cellules au niveau protéique est particulièrement pertinente : s’intéressant directement aux acteurs des fonctions cellulaires, elle permet de s’affranchir du biais éventuel d’une relative déconnection entre les quantités d’ARNm et les quantités des protéines correspondantes, et donne accès aux modifications post-traductionnelles.
La notion de " protéome " (PROTEin complement expressed by a genOME) fait directement référence à ce niveau d’analyse, complémentaire du recensement systématique des gènes transcrits (analyse du " transcriptome ").
Elle repose sur la visualisation (et parfois la quantification) d’un très grand nombre de protéines par électrophorèse bidimensionnelle, que l’on identifie par différentes techniques (micro-séquençage, détermination de la composition en acides aminés, spectrométrie de masse). La puissance de cette approche la rend précieuse pour aborder des questions très variés : modifications post-traductionnelles, développement, réponse à des contraintes biotiques et abiotiques, effet de mutations, génétique de la régulation de l’expression de gènes, validation de QTL, variabilité génétique, etc.
| Transcriptome | Protéome | |
| Représentativité du génome exprimé | Elevée | Moyenne à faible |
| Régulation transcriptionnelle | Oui | Non |
| Régulation traductionnelle | Non | Oui |
| Modifications post-traductionnelle | Non | Oui |
| Caractérisation | Séquençage | Micro-séquençage Composition en aa Mesure de masses |
| Quantification des produits | Intensité signal hybridation SAGE | Intensité des spots en gels 2D |
http://www.pierroton.inra.fr/genetics/2D/Proteomevert/proteomeINRA.html